民國68年，本校師範專科學校時期設立特殊教育組，分成智能優異及身心障礙兩組。自民國76年改制為臺北市立師範學院後，依國小師資之需要設立特殊教育學系。多年來除了培育國小和幼兒園之特殊教育師資外，並配合特殊教育中心定期舉辦各類研習活動與國內外學術專題講座，提升臺北市輔導區內特殊教育之品質。

本系於民國89年成立「身心障礙教育研究所」，首屆招收碩士班研究生10名。民國91年成立身心障礙教育教學碩士學位班，提供特殊教育教師在職進修機會；民國92年成立「創造思考暨資賦優異教育研究所」。民國93年成立「溝通障礙教育研究所」。民國95年，配合改制為臺北市立教育大學，三個研究所併入特殊教育學系成為碩士班，分為身心障礙組、溝通障礙組、創造思考暨資賦優異等三組。民國96年，碩士班「溝通障礙組」改制為「溝通障礙碩士學位學程」。民國97年，碩士班「創造思考暨資賦優異組」更名為「資賦優異組」。民國98年「溝通障礙碩士學位學程」改制為「語言障礙碩士學位學程」。民國102年8月，臺北市立教育大學與臺北市立體育學院合併為臺北市立大學，本系隸屬於教育學院，並於博愛校區執行教學與行政等任務。民國103年度起配合系所整併與分組，故將「語言治療碩士學位學程」併入「特殊教育學系碩士班語言治療組」為學籍分組。民國103年起教師在職進修碩士學位班「特殊教育學系身心障礙教育教學碩士學位班」停止招生，並新增碩士在職專班「特殊教育學系碩士在職專班」採每年招生，以服務廣大的在職教師進修機會。

本校設有文、理、教育等多元系所，居地理位置優勢，位處首善之區。本系與臺北市特殊教育相關行政單位，各大學特殊教育系所、以及各級學校和特殊教育服務機構密切往來並有合作關係，對促進特殊教育相關業務及專業服務，扮演相當重要的角色。

本系主修特殊教育之畢業生多數任教於國小資優班、不分類資源班、集中式特教班、特殊教育學校，部分服務於普通班及特殊教育相關單位，主修語言治療之畢業生多數服務於醫院和復健科診所。